Metafizyka
Metafizyka, jako dyscyplina najdoskonalsza, usytuowana na szczycie hierarchii nauk, zajmuje się badaniem:
•przyczyn i zasad rzeczywistości
•bytu jako bytu
•substancji
•Boga i tego, co transcendentne
Nazwa metafizyka prawdopodobnie nie pochodzi od samego Arystotelesa, lecz od filozofa perypatetyckiego Andronikosa z Rodos, który wydał i uporządkował pisma mistrza. 14 pism, dotyczących ogólnych zasad, umieścił po pismach fizycznych. Za tym, że porządek przyjęty przez Andronikosa był czysto zewnętrzny, pozafilozoficzny, opowiedzieli się następujący uczeni: Eduard Zeller, Paul Hämmerlin, William David Ross, Werner Jaeger. Arystoteles używał określeń „filozofia pierwsza”, w odróżnieniu od fizyki, czyli „filozofii drugiej”, lub „teologia”, z racji tego, że przedmiotowi metafizyki przypisywane są cechy boskie. Pierwsza wzmianka o tytule meta ta physiká wystąpiła u Mikołaja z Damaszku (64 r. przed. Chr.), widnieje też w katalogach Anonima z Menage oraz Ptolemeusza. Według teorii M.H. Reinera, tytuł Metafizyka był inspirowany przez samego Arystotelesa i był już używany przez pierwszą generację uczniów Liceum. Mógł je stworzyć jego uczeń Eudemos z Rodos. Według Moraux dzieła metafizyczne w pierwotnym układzie występowały po pismach matematycznych a nie fizycznych i nazwa miałaby znaczenie filozoficzne. Według interpretacji odwołującej się do perspektywy platońskiej, przedrostek meta odnosi się do hierarchii bytów: wskazuje na to, co ponad przyrodą. Interpretacja ta przypisywana Herenniuszowi, była powszechna w średniowieczu. Dla Tomasza z Akwinu metafizyka dotyczy rzeczy poza-fizycznych (łac.) transphysica i ma ten sam przedmiot co teologia, tzn. traktuje o rzeczach boskich, różni się tylko sposobem poznania.
Forma i materia
Arystoteles odrzucił platoński dualizm rzeczy materialnych i idei. Uważał on, że idee „nie przyczyniają się też w żaden sposób do poznawania innych rzeczy [...] ani do wyjaśniania ich istnienia, bo nie znajdują się w poszczególnych rzeczach, które w nich uczestniczą [...]”. Jego zdaniem istota rzeczy (substancja) zawiera się w niej samej. W miejsce dualizmu platońskiego powstał jednak inny: materii i formy. Forma była odpowiednikiem idei platońskiej, lecz nie jako osobny, niezależny byt, a jako coś nadające kształt i postać materii – tworzywu. Relację między formą a materią można więc sobie wyobrazić jak relację między naczyniem a wodą, albo palcami garncarza a gliną. Pogląd ten, zwany hilemorfizmem, został następnie przejęty przez średniowieczny tomizm. Formy w zasadzie nie mogą istnieć bez materii, a z drugiej strony sama materia bez form nie posiadałaby kształtu, koloru, ruchu i innych cech; byłaby czystym chaosem. Tak więc znany nam z doświadczenia świat jest nierozerwalną kombinacją materii i idei-form. Stosunek formy i materii (entelechia) określa cechy danej rzeczy, a w przypadku istot żywych określa ich celowy charakter. Arystoteles przyczynił się do rozwoju teorii atomistycznej twierdząc, że cała materia składa się z tych samych ciągłych substancji pierwotnych.